Beberapa tahun terakhir Ambon sekilas terlihat damai dan rukun, namun potensi konflik ternyata masih ada. Kerusuhan Ambon 11 September 2011 dan pawai obor Pattimura yang berakhir bentrok pada 15 Mei 2012 adalah bukti bahwa kepercayaan antar kelompok belum tumbuh sempurna di kalangan masyarakat. Meskipun telah ada Perjanjian Malino II pada 13 Februari 2002, namun trauma dan rasa saling tidak percaya akibat konflik 1999-2001 masih meninggalkan sisa.